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カラーは年に数枚しか描かないんですよ。時間がかかるから。
なので、参考にはならないかもしれませんが、とりあえず。
独学、自己流です。（説明書とかハウツーとか読みません）

今回は、描くといって半年近く放置していたイメージイラストをいい加減仕上げてみました。
http://ncode.syosetu.com/n0630f/
↑俊衛門さん作「夜狗―ＹＡＫＵ―」


↑メイキングです。

（1）イラストをスキャンします
コピー用紙に鉛筆で描いてます。ペン入れとかしません。
無駄な線は極力描きませんし、描き直しもしません。
さっと描いたものをそのまま使ってます。その方が味が出るかなぁと。
スキャン後、Photoshop7.0にて明るさコントラスト調整・トーンカーブ調整して、きれいな線画にします。
ゴミはこの辺りで気になる部分だけ消します。

（2）下地の塗り
作業をSAIに移します。
線画を乗算にして、その下にレイヤーをたくさん作り、部分毎に下地を塗ります。
右上男の髪の毛、その肌、その他の人物髪の毛、肌、服その1、その2、銃、背景、くらいに分けました。
このときはマーカーツール、塗り100％でがつがつ塗ります。はみ出しとか気にしません。後で消すので。

（3）下地の余分な箇所を消しゴムで消します
消しゴムツールで余計な部分を消しながら微調整。
一緒にツールをアクリル（キャンパス）に変えて塗りと水分量、混色具合を調整しつつ塗っていきます。
右上の男の肌が他の人物に被さっているので、ほどよく透けるようにしています。女の子の長い髪の毛も同じです。
この作業で大体の色の領域を決定させます。

（4）透明部分の保護をします
勢いよく塗りたいので、透明部分の保護という機能を使います。
レイヤーの「透明部分の保護」ボタンを押すと、そのレイヤー上においてある色以外の場所（まだ透明な部分）には色がおけなくなります。マスクのような効果です。これはSAIだけでなく、Photoshopにもあるので、使うと便利ですよ。

（5）保護したレイヤーにがんがん色を塗っていきます
影のためのレイヤーとか、使いません！
そのまんま下地を塗ったレイヤーを使い、がんがん塗ります。下地の色とずいぶん違うところもありますが、その辺気にしない！
勢いで塗りまくります。

（6）全てのレイヤーに色を入れます
下地レイヤーの他に、背景の炎、建物、空、遺伝子図、細胞、その背景、というレイヤーを新たに設け、更に塗ります。
遺伝子図と細胞のレイヤーのみ覆い焼きにしていますが、その他は全て普通のレイヤーです。
最後に、線画レイヤーの下に、流血レイヤーを作って、血を流してみました。

（7）文字入れ
SAIでの作業は終わりです。ｐｓｄ形式で書き出し、Photoshop7.0で再編集。
文字を入れて完成です！

こんな感じでざっくり描いてます。

Photoshopで美麗イラストを！　と言う方は、ブログ虹の向こう（http://rainbowandthesky.blog.shinobi.jp/）のCG講座の記事を参考にしていただくといいかもしれません。ツールの説明とか、効果の説明とか、結構細かくしたものが置いてありますよ。